کلیسای هوانس مقدس یکی از کلیساهای ارامنه کاتولیک است و نام آن برگرفته از اسم یکی از حواریون عیسی به‌نام یوحنا که ارامنه به آن «هوانس» می‌گویند، گرفته شده‌است. این کلیسا در داخل شهر مراغه واقع شده و تنها کلیسای موجود در این شهر است.

کلیسای هوانس مراغه در دوران حکومت ایلخانان مغول از موقعیت خاصی برخوردار بوده‌است؛ ولی در زمان حاضر این کلیسا به‌دلیل مهاجرت ارامنه به تهران و شهرهای دیگر، عملاً بدون استفاده باقی مانده‌است.

کلیسای هوانس شامل سه بخش محل اسکان اسقف اعظم، مدرسه و روشن‌کردن شمع وعود است که برخلاف عرف رایج در کلیساسازی، دارای پلان مربع القاعده می‌باشد. مدخل این کلیسا در ضلع غربی و ورود به داخل آن از طریق درگاه زیر تاق گنبدی صورت می‌گیرد. سردر ورودی کلیسا دارای گنبد رک هرمی با روکش شیروانی است و ناقوس کلیسا نیز در این محل واقع شده‌است.

فضای اصلی کلیسا مستطیلی‌شکل است که عبادتگاه یا محراب در ضلع شرقی آن واقع شده و مرکب از سه تاق‌نما با قوس جناغی می‌باشد. تاق‌نمای میانی از دو تاق‌نمای طرفین بزرگتر بوده و در داخل این تاق‌نما دو پنجرهٔ مستطیل‌شکل وجود دارد که با شیشه‌های الوان مزیین شده‌اند. تاق‌نمای میانی دارای تاق جناغی و تاق‌نماهای طرفین دارای گنبد کوچکی می‌باشند.

در ضلع شمالی و جنوبی برروی دیوارها و تاقچه‌ها، نغول‌های کم‌عمقی جهت عرضهٔ عکس‌های یادبود تعبیه شده‌اند. نور داخل کلیسا از درب ورودی و پنجره‌های کوچک ضلع شرقی و شمالی و جنوبی تامین می‌گردد. در ضلع غربی حیاط یک سری ساختمان یک‌طبقه احداث شده که در گذشته مورد استفاده بوده‌اند؛ ولی براثر گذشت زمان متروک گشته و هم‌اکنون در حال مرمت‌اند. اتاق‌های مخروبهٔ دیگری نیز در اطراف حیاط دیده می‌شود که مسکن افراد کم‌بضاعت بوده‌اند.